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保护改制企业小股东的合法权益的方法如下：

1、在公司法强制性规定的情况下，在章程中可制定更为严格的规定，以制约大股东的行为。

2、针对公司法中章程规定的诸如股东的权利和义务等规定得较为简单或不完善的地方可以细化，具有可操作性。

3、建立公司财务、政务公开制度。

4、赋予普通股东更多的知情权、调查权。

5、对公司董事、经理违反《公司法》第六十条的强制性规定时，可对其作出相应的处罚措施。

【法律依据】

《公司法》第二十条，公司股东应当遵守法律、行政法规和公司章程，依法行使股东权利，不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益；不得滥用公司法人独立地位和股东有限责任损害公司债权人的利益。公司股东滥用股东权利给公司或者其他股东造成损失的，应当依法承担赔偿责任。

公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。